После вступления в силу Конвенции АНТКОМ был создан Научный комитет (НК-АНТКОМ), и все члены Комиссии также являются членами Научного комитета.
Научный комитет предоставляет Комиссии наилучшую имеющуюся научную информацию по уровням вылова и другим вопросам управления. В свою очередь Комиссия в соответствии с Конвенцией обязана при принятии своих решений полностью учитывать мнение и рекомендации Научного комитета.
Научный комитет принимает во внимание результаты исследований, полученные в рамках национальных программ членов АНТКОМ. Кроме того, АНТКОМ создал ряд программ для сбора данных, необходимых для эффективного управления в Южном океане, которые включают:
- мониторинг промыслов
- научных наблюдателей на промысловых судах
- программы по вопросам экосистемного мониторинга и морских отбросов.
Ежегодные совещания Научного комитета проводятся непосредственно перед совещанием Комиссии. В целях рассмотрения широкого круга научных вопросов, которые могут отразиться на решениях Комиссии, Научный комитет создал ряд рабочих групп, которые собираются в течение года и содействуют разработке научных рекомендаций в ключевых областях.
В настоящее время имеется четыре рабочих группы и одна специализированная подгруппа:
- Рабочая группа по экосистемному мониторингу и управлению (WG-EMM)
- Рабочая группа по оценке рыбных запасов (WG-FSA)
- Рабочая группа по статистике, оценкам и моделированию (WG-SAM)
- Рабочая группа по побочной смертности, связанной с промыслом (WG-IMAF)
- Рабочая группа по методам акустики, съемки и анализа (WG-ASAM)
Совещания WG-EMM, WG-FSA и WG-SAM обычно проводятся ежегодно, тогда как SG-ASAM и WG-IMAF созываются по просьбе Научного комитета. Все группы представляют результаты своей работы непосредственно в Научный комитет. В 2019 г. Научный комитет решил, что SG-ASAM должна стать рабочей группой и что первое совещание WG-ASAM будет проводиться в 2020 г.
Председатель Научного комитета выбирается странами-членами на срок продолжительностью в два совещания и может быть переизбран еще только на один срок. В настоящее время Председателем является Дирк Уэлсфорд (Австралия).